为了主动适应上海和全国城市轨道交通发展的需要，加快城市轨道交通专业人才的培养， 落实科教兴国的伟大战略,上海工程技术大学和上海地铁运营有限公司决定充分发挥双方优势， 建立产学研合作联盟，共同成立 上海工程技术大学城市轨道交通学院。
经过充分准备， 2005 年 1 月 22 日，学校与地铁公司共同举行上海工程技术大学城市轨道交通学院成立暨揭牌仪式，汪泓校长和周淮总经理代表校企双方签约了全面合作办学协议，副市长严隽琪、杨雄出席学院成立典礼并为学院揭牌，市政府副秘书长洪浩在成立仪式上作了讲话。学院的正式挂牌成立，标志着城市轨道交通学院的建设进入了一个新的阶段。
学院机构设置有：院理事会，由校长和公司总经理担任理事长，负责学院重大工作的决策；院学术委员会，开展学院学科建设的技术咨询；专业委员会，进行专业建设的技术指导；各系，执行专业培养计划和日常教学管理。目前学院设置4个本科专业：机械工程及自动化（城市轨道交通车辆工程）、电子信息工程（城市轨道交通通信信号）、交通运输（城市轨道交通运营管理）和交通工程专业，另有4个专科专业：城市轨道交通技术（车辆技术）、城市轨道交通技术（通信信号）、城市轨道交通运营管理、城市轨道交通技术（机电设备）。学院从2005年秋季开始招生，至2006年秋季，学院注册学生1003名。
在校企双方的共同努力下，学院的各项工作卓有成效，构成了以本院专任教师、校内学科平台教师、地铁公司技术骨干和行业内具有较高学术造诣的兼职教授组成的师资队伍，其中教授8人，副教授6人，教师的硕、博比达94.1 %；建成了车辆模拟驾驶、城轨列车自动驾驶控制（ATC）、车辆结构、城市轨道交通运行技术、信号设备等8大实验室，基本满足了教学实验的要求；“现代城市轨道交通运营工程”被列为上海市高校高水平特色发展项目而获得上海市大力度的财政支持，该项目将进一步提升学院学科水平。
自2007年开始，学院的机械工程及自动化（城市轨道交通车辆工程）专业将同时招收硕士研究生。学院教师在本学科具有较高学术水平，2006年本学院教师申请获批国家自然科学基金项目一项、上海市教委自然科学基金项目4项，承接地铁企业委托科研项目3项、上海市科委和教委“选拔培养优秀青年教师科研专项基金”项目4项。
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